Черкесск расположен в северной части Карачаево-Черкесии, на правом берегу реки Кубань. Площадь города составляет — 69.8 км 2.Город находится в предгорной зоне республики. К востоку от него тянутся холмистые хребты, максимальные высоты которой достигают 700 метров над уровнем моря. На западе, на протяжении всего города тянется изрезанное побережье Кубани. Средние высоты на территории города составляют 530 метров над уровнем моря.ГидрологияГлавной водной артерией для города является река — Кубань. Также гидрографическая сеть представлена малыми реками — Овечка, Топка и Абазинка. К юго-востоку от города проходит Большой Ставропольский канал. К востоку от города расположены две крупные резервуары пресной воды — Кубанское водохранилище и озеро Малое. К западу от города в районе «Зелёный остров» имеется каскад искусственных водоёмов. Особенно большое скопление прудов имеется в северо-западной части города и используются в основном для орошения садовых участков.